KEGG通路圖里面的編號只是代表了一個位置，在同一個位置上可能會有很多種代謝物，會出現(xiàn)好幾個代謝物注釋到同一通路的同一位置，因此和表格上對不上是正常的。
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KEGG富集分析里面，表格里匯總的差異基因數(shù)量和通路圖上面的標(biāo)注的數(shù)量不一致，例如某條通路上在表格顯示有11個下調(diào)的5個上調(diào)的，但是在通路圖里面只標(biāo)注了3個下調(diào)的2個上調(diào)的，原因是？
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組學(xué)的差異物太少，通過調(diào)整閾值篩選出更多的差異物之后，是否篩出來的差異物質(zhì)差異倍數(shù)是不是就不會很明顯？
一般來說，調(diào)整閾值篩選出差異物后，是為了找出更多的差異物，理論上來說也是差異物，為了方便我們后續(xù)作圖的美觀以及找出關(guān)鍵的差異物，進(jìn)行后續(xù)的數(shù)據(jù)挖掘和分析。
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PLS-DA、OPLS-DA的置換檢驗?zāi)Ｐ蜎]達(dá)到合格標(biāo)準(zhǔn)，那OPLSDA、PLSDA分析的數(shù)據(jù)還能用嗎，數(shù)據(jù)還可靠嗎？
plsda和oplsda是有監(jiān)督模式的偏最小二乘法分析和正交偏最小二乘判別分析，對模型進(jìn)行指定分組，因此需要置換檢驗圖檢驗?zāi)Ｐ褪欠襁^擬合，判定標(biāo)準(zhǔn)最主要看報告中提到的，斜率為正或者與Y軸截距是負(fù)的，如果不符合這個標(biāo)準(zhǔn)，不建議去使用這張圖，比如這個OPLSDA模型過擬合了，不建議使用，可以看下 PLSDA，PCA的模型，文章中一般只用放pca，plsda，oplsda其中一種就可以了，另外，對于差異物質(zhì)的篩選，可以結(jié)合VIP、FC和P值兩兩結(jié)合看，如果OPLSDA置換檢驗出現(xiàn)模型過擬合，可以不看VIP。
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非靶代謝里面，PCA分析里面有時候會有一個圈，有時候又沒有，原因是？
圓圈代表這個組的一個置信區(qū)間，置信區(qū)間的意義是指由樣本統(tǒng)計量所構(gòu)造的總體參數(shù)的估計區(qū)間。在區(qū)間估計中，由樣本統(tǒng)計量所構(gòu)造的總體參數(shù)的估計區(qū)間稱為置信區(qū)間，通常來說需要3個以上樣本做出來的置信區(qū)間圖會比較好看，3個樣本做出的圖會不美觀，一般不建議做。
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甲基化試劑 NaBH4 和 NaBD4 有什么用途？
只有酸性糖的甲基化前處理需要用到，為了通過同位素取代得到質(zhì)荷比不同的質(zhì)譜碎片（ H 代和 D 代），從而實現(xiàn)糖醛酸的定性（主要）和定量（次要）分析。糖醛酸的二級質(zhì)譜圖 D 代比 H 代的 m/z 多 2。