KEGG通路圖里面的編號只是代表了一個位置，在同一個位置上可能會有很多種代謝物，會出現好幾個代謝物注釋到同一通路的同一位置，因此和表格上對不上是正常的。
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KEGG富集分析里面，表格里匯總的差異基因數量和通路圖上面的標注的數量不一致，例如某條通路上在表格顯示有11個下調的5個上調的，但是在通路圖里面只標注了3個下調的2個上調的，原因是？
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組學的差異物太少，通過調整閾值篩選出更多的差異物之后，是否篩出來的差異物質差異倍數是不是就不會很明顯？
一般來說，調整閾值篩選出差異物后，是為了找出更多的差異物，理論上來說也是差異物，為了方便我們后續作圖的美觀以及找出關鍵的差異物，進行后續的數據挖掘和分析。
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PLS-DA、OPLS-DA的置換檢驗模型沒達到合格標準，那OPLSDA、PLSDA分析的數據還能用嗎，數據還可靠嗎？
plsda和oplsda是有監督模式的偏最小二乘法分析和正交偏最小二乘判別分析，對模型進行指定分組，因此需要置換檢驗圖檢驗模型是否過擬合，判定標準最主要看報告中提到的，斜率為正或者與Y軸截距是負的，如果不符合這個標準，不建議去使用這張圖，比如這個OPLSDA模型過擬合了，不建議使用，可以看下 PLSDA，PCA的模型，文章中一般只用放pca，plsda，oplsda其中一種就可以了，另外，對于差異物質的篩選，可以結合VIP、FC和P值兩兩結合看，如果OPLSDA置換檢驗出現模型過擬合，可以不看VIP。
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非靶代謝里面，PCA分析里面有時候會有一個圈，有時候又沒有，原因是？
圓圈代表這個組的一個置信區間，置信區間的意義是指由樣本統計量所構造的總體參數的估計區間。在區間估計中，由樣本統計量所構造的總體參數的估計區間稱為置信區間，通常來說需要3個以上樣本做出來的置信區間圖會比較好看，3個樣本做出的圖會不美觀，一般不建議做。
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甲基化試劑 NaBH4 和 NaBD4 有什么用途？
只有酸性糖的甲基化前處理需要用到，為了通過同位素取代得到質荷比不同的質譜碎片（ H 代和 D 代），從而實現糖醛酸的定性（主要）和定量（次要）分析。糖醛酸的二級質譜圖 D 代比 H 代的 m/z 多 2。