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可以在火山圖上標注基因名稱嗎?

可以,但是一般選擇TOP20的差異基因進行標注,差異基因數據太多會影響圖片的美觀程度。


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可以把三個不同組的差異基因放在一起出一套GO分析或者KEGG分析嗎?

原則上可以這么操作,但是這么做并沒有什么實際的意義,通過富集兩組差異基因所在的通路,可以分析不同的處理之間的區別,如果是將不同比較組的基因放一起富集分析,沒有辦法哪條通路是屬于哪個比較組的,同時富集率也會發生變化,不利于后續的分析。


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蛋白組數據里面,會有+、-和沒有符號標價的,代表的意思是?

加號和減號代表著差異蛋白的上下調,沒有標注的就是不顯著差異的蛋白,同時,在DIA和Label-free中,還代表了蛋白在不同樣本中的有無情況(從表達量看)。


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內源性物質和外源性物質的區別是?

代謝物是生物體新陳代謝產生的小分子化合物的集合,通常指分子質量小于1000Da的化合物,如氨基酸、多肽、糖類、有機酸、脂質、維生素、生長因子、核苷和核苷酸等,這些物質都是生物體內產生和發現的,又稱內源性代謝產物,通常所說的代謝物都是指內源性代謝產物。外源性代謝物又稱外源性小分子,是指來源于食品添加劑、膳食補充劑、藥物以及環境污染物的化學物質,這些外源性小分子進入機體后通過吸收和代謝等途徑與機體的各系統相互作用,可能會導致內源性代謝紊亂。


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KEGG 編號有 D 開頭的編號,是什么?

某些外源性物質是已知的藥物,在 KEGG數據庫里用 D 開頭的編號表述(Drug)。


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