近年來，隨著微生物組學研究的不斷發展和持續火熱，越來越多的研究者跳出單一的微生物研究，開始將微生物組學和代謝組學聯合起來，從物種、基因以及代謝產物等水平共同解釋科學問題。微生物組測序可以解決菌群豐度和功能差異的問題，而代謝組學是研究生物體中代謝產物變化的科學，可以解決功能改變導致的代謝物變化機制問題。因此代謝組學是微生物組學研究重要的輔助和驗證方法。在醫學研究領域，微生物不僅可能是重要的生物標志物，更是成為發現藥物作用新機理（尤其是復雜中藥）的重要方向，因此微生物組學與代謝組學聯合從物種、基因、代謝通路以及代謝物等層面綜合闡述疾病發生發展機制以及藥物靶向治療等方面具有重要意義。

1) Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer.

2) The gut microbiome from patients with schizophrenia modulates the glutamate-glutamine-GABA cycle and schizophrenia-relevant behaviors in mice.

3) Gut microbiome and serum metabolome alterations in obesity and after weight-loss intervention.