對于同一組織來說，樣本間存在異質性，因此時常會導致組內重復性較差。為了盡量避免該類問題出現，在方案設計時，建議設置3個以上的樣本重復（最好5個以上）。這樣對于個別偏離的樣本，我們可以選擇剔除后再進行表達差異分析。另外，最好選擇有顯著差異的表型進行研究

參數設置過于嚴格。對于有些處理不是特別明顯的實驗，可以適當放寬參數，比如將上下調倍數調低（1.5倍），或者更換差異分析軟件。

2、樣本重復性不好。樣本組內重復性比較差，很有可能掩蓋組間差異。可通過樣本相關性分析或者PCA分析，查看是否存在相關性較差的樣本。通常情況下，相關性系數不應低于0.8；

3、不同處理差異確實不顯著。可以從實驗處理方法是否有效、表型差異是否明顯等層面去排查；

4、客觀實驗結果。需要指出的是差異基因數并沒有一個標準范圍，其數量與不同的處理效果息息相關。若以上幾點都沒有問題，則可挑選其中的一些基因著重研究。

黑色代表該樣品里面實際檢測到的響應值，再轉換形成最后的定量值；灰色就是代表樣品里面該蛋白的含量已經低于我們儀器的檢出下限，檢測不到響應值，只能根據其他數據進行填充得來的。

一般16S測序只擴增最具有代表性的1~3個可變區，而全長16S是擴增出全部的可變區域序列，相對而言，利用全長16S測序，可以獲得更準確的物種分類以及更多的物種鑒定。但是，利用三代技術進行全長16S測序，價格也相對較高，因此如果是常規樣品，沒有特殊需求，一般的16S測序就可以滿足了。

細菌與真菌進行種群鑒定分別對細菌的16Sr RNA基因和真菌的ITS序列進行測序。除了測序的研究對象不同，他們比對的數據庫也各不相同，所以不可以合并分析比較。