蛋白質是生命功能的執行者，其含量的變化在生物體的生長、環境應激、疾病發生發展等過程中發揮著重要的作用。且從DNA、mRNA到蛋白質的過程中涉及到一整套精細的表達調控機制，如轉錄調控、轉錄后調控、翻譯調控、翻譯后調控等。因此，要全面探究生物體疾病機理、環境應激、生長發育機制等，精細描繪關鍵基因的表達模式，同步檢測mRNA和蛋白質的表達量并進行聯合分析已成為當前研究的必然趨勢。通過蛋白組和轉錄組的聯合分析，我們可以實現mRNA和蛋白質的互補和整合，對生物體特定狀態下的應激機理進行全方位分析；通過分析同一基因轉錄水平和翻譯水平的變化，挖掘關鍵基因表達調控機制，全面闡釋生物基因表達調控機制；針對蛋白數據庫不全的物種，利用轉錄組數據看構建的蛋白質庫，可提高蛋白鑒定數目與質量。因此，只有通過系統生物學整體分析，聯合多組學數據對生物樣本進行系統研究，才能真正觀察到 mRNA-蛋白質關聯性，進而從整體上解釋生物學問題。

1) Understanding the regulatory mechanisms of milk production using integrative transcriptomic and proteomic analyses.

2) Proteogenomic integration reveals therapeutic targets in breast cancer xenografts.

3) Combined transcriptomic and proteomic analysis constructs a new model for light-induced anthocyanin biosynthesis in eggplant (Solanum melongena L.)

4) Quantifying post-tranional regulation in the development of Drosophila melanogaster