谷物類淀粉和塊根塊莖類淀粉使用的標準品不同,因此在下單時需備注樣品來源


直鏈淀粉含量測定為什么要知道樣本來源?
篩選出來的差異功能基因的驗證方法有哪些?
1、過表達。選擇目的基因構(gòu)建過表達載體,將過表達載體導入細胞中,檢測目的基因的表達情況,并觀察表型、功能的變化。
2、敲除(敲降)。使用CRISPR/Cas9、RNA干擾(RNAi)等方法敲除(敲降)目的基因,同時觀察表型和功能變化。
3、功能回復。過表達的同時敲除(敲降)目的基因,或者是在敲除(敲降)的基礎(chǔ)上過表達目的基因,觀察表型和功能是否回復。
為什么轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果與qPCR驗證結(jié)果會出現(xiàn)不一致的情況?
1、樣本比較關(guān)系是否搞反;
2、測序所用RNA與驗證所用的RNA,是否為同一批樣本;
3、挑選的基因表達差異并不顯著,或者挑選的是差異基因但表達量較低;
4、兩種方法本身就不同。RNA-seq是大規(guī)模篩選用的,反應樣本整體的基因表達變化趨勢。其一般是對基因進行定量,將所有來源于該基因的轉(zhuǎn)錄本reads歸為該基因,但qPCR擴增的片段有時不能代表所有的轉(zhuǎn)錄本,因此不能保證每個基因的變化趨勢都與qPCR一致。一般是挑選大量的基因進行驗證,兩者的結(jié)果從統(tǒng)計學上來說存在較高的相關(guān)性(r2 >0.8),即視為驗證成功。
差異表達分析時,針對差異表達基因進行的KEGG和GO富集分析,選擇哪一個作為功能描述的參考
GO和KEGG是兩個獨立分類的數(shù)據(jù)庫,GO數(shù)據(jù)庫的作用是將基因按照它們參與的生物學過程、構(gòu)建細胞的組分,實現(xiàn)的分子功能等進行分類。KEGG數(shù)據(jù)庫,是將基因按照參與的pathway通路分類。兩個都能參考。
敲除掉某個基因為什么在轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果中依然檢測到有較高的表達?
在敲除過程中,破壞的常常只是靶基因的部分外顯子而不是整個編碼區(qū)。因此剩下的編碼序列有可能因可變剪切表達出一些新的轉(zhuǎn)錄本。這就導致在轉(zhuǎn)錄組結(jié)果中能檢測其基因有較高的表達。