16S多樣性分析主要是通過16S序列可變區去區分鑒定樣本中的微生物的種類結構；宏基因組測序則是獲得菌群的基因組序列，通過序列的相似性去比對數據庫鑒定物種。相對而言，16S進行物種注釋的準確性高于宏基因組，所以如果已經做過16S的測序分析，菌群結構的分析結果以16S的結果為準。
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客戶同一批樣本同時做了16S多樣性和宏基因組測序，其微生物的種類結構相差比較大的現象？
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普通轉錄組測序適用于哪些情況？
普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發育過程；二是不同的環境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。
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研究轉錄組的方法有哪些？
目前研究轉錄組的方法主要三種，基于雜交技術的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于sanger測序法的SAGE (serial analysis of geneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallel signature sequencing)，基于第二代測序技術的轉錄組測序，又稱為RNA-Seq
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為什么編碼同一個酶的基因，會有的上調有的下調？
這些編號的基因存在著多個條目，也可能包含了一個家族的多個基因，它們間的調控機制可能尚不清楚，反映在圖上會有部分上調，部分下調的現象，這是比較常見的現象。
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能否提取部分基因來做差異分析？
不能。差異分析是基于整體來做的。差異分析軟件的作者推薦用全部readcount進行差異分析，若使用部分基因做分析，會毀壞掉數據整體的特點，如測序深度、reads分布特征。所以不推薦老師抽取部分來做差異分析。