由于reference組裝不好，或者所測物種與reference的親緣關系較遠；由于樣品的特殊前處理或者相對于參考基因組此樣品本身的變異太大，導致mapping rate相對較低。
151
造成mapping rate較低的原因可能有哪些？
152
有參分析都需要什么文件？
相應的參考基因組及基因結構注釋文件（gtf/gff/gff3/bed等格式，推薦gtf，gff）、基因的GO注釋文件的直接下載鏈接以及基因功能描述文件。
153
什么是Q20、Q30？
Phred 數(shù)值大于20、30的堿基占總體堿基的百分比，其中Phred=-10log10(e)。
154
什么是raw data/ clean data？
raw data，是測序下機的原始數(shù)據(jù)。clean data，對原始數(shù)據(jù)進行過濾后，剔除了低質量數(shù)據(jù)的剩余數(shù)據(jù)；后續(xù)分析均基于clean data。
155
RNA-seq中什么是有參/無參？如何選擇？
有參是指參考基因組；一般還未有參考基因組的物種建議做無參，或者測序樣本與參考基因組比對率過低也可以做無參。