不同物質(zhì)結(jié)構(gòu)、攜帶的基團(tuán)不同，質(zhì)譜檢測(cè)過(guò)程中，物質(zhì)的離子化效率、對(duì)儀器信號(hào)的響應(yīng)等方面可能存在較大差異，結(jié)果就呈現(xiàn)出不同物質(zhì)的質(zhì)譜檢測(cè)效率不一致。因此，代謝組數(shù)據(jù)僅適用于不同組別間同一物質(zhì)的比較，不適用于同一樣本內(nèi)部比較不同物質(zhì)的差異。

由于代謝物分子量小，結(jié)構(gòu)復(fù)雜，只通過(guò)分子量和電荷數(shù)（一級(jí)質(zhì)譜）鑒定不是很準(zhǔn)確，因此更依賴標(biāo)準(zhǔn)品二級(jí)譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)，但很多公共數(shù)據(jù)庫(kù)（HMDB、Metlin等）中約有90%的已知代謝物都沒(méi)有標(biāo)準(zhǔn)的二級(jí)譜圖。即使有二級(jí)信息，由于代謝物的離子譜圖可能由不同實(shí)驗(yàn)室的不同質(zhì)譜儀器打出，儀器的種類、參數(shù)設(shè)置不同，都可能導(dǎo)致同一個(gè)代謝物產(chǎn)生的譜圖存在偏差。因此代謝物雖然種類多數(shù)量多，但是鑒定到的物質(zhì)相對(duì)較少

定性原理：主要根據(jù)樣品打到的譜圖和數(shù)據(jù)庫(kù)譜圖進(jìn)行匹配，GC-MS綜合保留時(shí)間、保留指數(shù)、譜圖進(jìn)行鑒定；LC-MS綜合分子量、質(zhì)荷比（m/z）、保留時(shí)間（RT）、譜圖等信息進(jìn)行代謝物鑒定。目前常見(jiàn)的GC-MS非靶數(shù)據(jù)庫(kù)有NIST，GMD，weily、公司自建庫(kù)等，常見(jiàn)的LC-MS非靶數(shù)據(jù)庫(kù)有HMDB、 Metlin、MassBank、MzCloud、Lipidmaps、KEGG、CHEBI、公司自建庫(kù)等。定量原理：質(zhì)譜檢測(cè)獲得的原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)峰識(shí)別（peaksidentification）、峰過(guò)濾（peaks filtration）、峰對(duì)齊（peaks alignment）等處理，獲得含質(zhì)荷比（mass to chargeratio, m/z）、保留時(shí)間（retention time, rt）、峰面積（intensity）等信息的數(shù)據(jù)矩陣。峰面積是代謝物的質(zhì)譜響應(yīng)強(qiáng)度，表征代謝物的豐度。對(duì)峰面積進(jìn)行歸一化后，可用于后續(xù)差異代謝物篩選分析

蛋白質(zhì)、色素、脂肪和酚類等物質(zhì)（淀粉/果膠/纖維素等）