目前常用的去除高豐度蛋白的方法有三種：物理化學法：通過高速離心、色譜分離等方式去除高豐度蛋白；高豐度蛋白去除試劑盒：通過特異性結合去除高豐度蛋白，使樣品復雜性顯著降低，從而檢測到更多低豐度蛋白。中低豐度蛋白富集試劑盒：這個方法的思路和第二種正好相反，通過特異性富集中低豐度蛋白，達到更好的檢測中低豐度蛋白的目的。

一般來說體液樣本如尿液，血液，乳汁等都會存在高豐度蛋白。高豐度蛋白在樣本中占據了大部分的蛋白質總量，它們的存在會一定程度上干擾低豐度蛋白的檢測信號，增加數據的復雜性，降低樣本的分辨率從而影響檢測效果。

UniProt＞NCBI＞其他 ，UniProt是目前世界上最大最完整的蛋白數據庫。其中除了人和小鼠可以用Swiss-Prot更好以外，其他物種都推薦UniProt Proteomes。UniProt的信息大多數都是經過驗證或人工校驗的，冗余度非常低。

NCBI是由美國國立生物技術信息中心（NCBI）維護的一個包含各種物種蛋白質序列的大型數據庫，蛋白庫的信息是任何一個研究者都可隨意提交的，因此NCBI中收錄的蛋白質信息非常豐富。但是很多蛋白的信息是沒有經過驗證或人工校驗就直接提交的，所以會有很多冗余的蛋白信息。

不可以。因為質譜的批次效應比較大，兩個檢測時間點儀器的響應會發生變化，這樣可能導致的一些含量低的物質可能只在一個批次里被檢出。并且由于儀器的波動會導致物質的峰面積整體發生變化，從而影響結果的一致性和準確性。

轉錄因子，是一類具有能夠結合到DNA特定序列上影響基因的轉錄過程的蛋白質。它對于理解基因表達調控、信號傳導途徑、細胞分化和發育，以及疾病的發生和發展具有重要意義。一般情況下，可以利用JASPER、AnimalTFDB、PlantTFDB等數據庫獲取轉錄因子結合的motif信息，再利用MEME FIMO等軟件預測轉錄靶向基因。