文獻解讀 | 隊列分析+蛋白質組,疾病標志物篩查高效發文思路來了!
隨著精準醫學的不斷發展,高特異性、非侵入性獲取的疾病生物標志物鑒定對復雜疾病的早期診斷、分型及機制研究至關重要。
以系統性蛋白質組學為核心驅動的標志物篩選策略,通過整合蛋白質組學、生物信息學挖掘、大樣本臨床驗證及分子機制實驗,運用大規模篩查能力挖掘新靶點,能夠闡明標志物的生物學功能及參與疾病的分子路徑,提升研究深度與臨床價值。
系統性紅斑狼瘡(SLE)是一種常見的慢性自身免疫性疾病,常累及多個器官,包括腎臟,高達60%的患者會發展為狼瘡性腎炎(LN)。LN是其中最常見的一種 SLE的嚴重臨床表現與預后不良相關。盡管在臨床實踐中一直使用免疫抑制劑和靶向生物制劑,仍有10-20%的患者 在診斷后5年內進展為終末期腎病(ESRD)。因此,探索LN發病機制和尋找新的治療靶點至關重要。
2025年4日,鄭州大學第一附屬醫院,在Lupus science and medicine雜志上發表了題為“Proteomics uncovers ICAM2 (CD102) as a novel serum biomarker of proliferative lupus nephritis”的文章,本研究旨在通過血清蛋白質組學鑒定狼瘡性腎炎(LN)的新非侵入性生物標志物。
血清、腎臟、細胞
蛋白質組學、ELISA、WB
技術路線圖
1.LN血清蛋白組
LN患者(n=40)和HCs(n=40)的血清樣本用于定量蛋白質組學分析。蛋白質組學分析顯示兩者之間存在顯著的空間分離(圖1A)。與HC相比,發現了123種差異表達蛋白(DEPs),這些蛋白在LN患者中表現出顯著變化(圖1B)。PPI網絡分析獲得了20個與LN相關的DEP中心節點,包括VCAM1、SELL、NCAM1、ICAM2、CD44、TIMP1、THBS1、FCGR3A、TFRC、SPARC、HLA-A、ORM1、CST3、VWF、APP、CRP、LYZ 、B2M、TGFB1和IGF1(圖1C、D)。其中,VCAM1、SELL、FCGR3A和TGFB1已被證明參與LN的發病機制,從而驗證了數據的有效性。通路富集分析顯示,中心DEP在炎癥反應、細胞活化正向調節、SA MMP細胞因子連接、補體系統、細胞粘附分子、JAK/STAT信號通路等功能中富集(圖1E)。機器學習算法RFA分析得到ICAM2、TIMP1和THBS1成為前三名候選標志物(圖1F)。
圖1 LN血清蛋白組
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2.獨立患者隊列蛋白質驗證
一個獨立的n=80受試者隊列(HC=30,LN=50)用于ELISA驗證。與HC組相比,LN組的血清ICAM2和TIMP1顯著上調,THBS1顯著下調(圖2A?C)。ROC曲線(圖2D)表明ICAM2在區分LN和HC(AUC=0.92)時具有最高的曲線下面積(AUC)值, ICAM2、TIMP1和THBS1的聯合診斷可達到0.98,隨后進行Spearman相關分析,以確定血清蛋白水平是否與各種臨床參數相關。如圖2所示。ICAM2與活動指數(AI)、蛋白尿、白蛋白和抗dsDNA抗體水平顯著相關(圖2E?I),且血清ICAM2與C3(圖2G)和C4(圖2K)呈強相關性。TIMP1和THBS1與LN的蛋白尿呈相關性。
圖2 ELISA驗證三種血清生物標志物及其與臨床指標的相關性
3.血清ICAM2水平可鑒別腎臟組織學
為了探討這些生物標志物是否反映了腎活檢的病理類別,作者進一步探索了不同LN類別的血清ICAM2水平是否有所不同。根據病理學分析,進一步將LN患者分為LN III(±V)、LN IV(±V)和LN V。活檢分析顯示,與HCs相比,每種LN類別的血清ICAM2水平均升高(圖3A)。PLN患者的ICAM2水平顯著升高,尤其是在LN IV(±V)患者中。在區分PLN與非增生性疾病方面,優于常規參數,包括C3、C4和抗dsDNA抗體(圖3B)。鑒于血清ICAM2顯著升高 與非PLN患者相比,作者研究了其與特定病理特征的相關性。如圖3所示,血清ICAM2與 毛細血管內細胞增多、透明質酸沉積和間質炎癥(圖3C-H)。
圖3 狼瘡性腎炎(LN)類別的血清ICAM2水平及其與腎臟組織學的關系
4.LN中腎組織內ICAM2的表達
為了確定ICAM2在腎組織中的位置,對13個LN腎活檢標本(PLN=8,MLN=5)進行了ICAM2的免疫組化染色,并與5個癌旁對照標本進行了比較 結果表明,與癌旁對照組相比,ICAM2表達主要在腎小球中升高。特別是,ICAM2在PLN的腎小球中顯著表達。在MLN和癌旁對照組中,ICAM2的陽性表達很少見(圖4A)。從Nephroseq數據庫中提取數據,進一步檢查健康人腎組織中的ICAM2表達。在LN腎臟中也觀察到ICAM2表達升高,與上述分析一致(圖4B、C)。
圖4 狼瘡性腎炎(LN)腎臟組織中ICAM2的表達
5.ICAM2通過PI3K/Akt途徑導致LN腎小球內皮細胞損傷
為了研究ICAM2蛋白在LN中的作用和機制,作者采用免疫熒光檢測了LN患者腎小球中ICAM2蛋白的表達。結果表明 ICAM2與CD31共定位顯著增加(圖5A)。進一步用LN患者血清提取的IgG刺激體外腎小球內皮細胞。結果表明 ,與處理組和健康血清IgG刺激組相比,IgG-LN刺激組表現出ICAM2表達升高,并伴有內皮細胞損傷標志物VCAM1的增加(圖5B、C)。先前的研究報告稱VCAM-1蛋白主要在活化的內皮細胞中表達,從而引發內皮細胞損傷。隨后,使用siRNA轉染敲低ICAM2表達,以探討ICAM2在HRGEC損傷中的作用。Western blotting(WB)分析顯示,敲低ICAM2表達可檢測HRGECs中VCAM1的表達(圖5D-F)。
先前的研究表明,ICAM2參與了PI3K/Akt通路的激活,從而促進細胞增殖和遷移。WB結果表明,IgG-LN刺激組表現出PI3K/Akt信號通路的激活,p-PI3K a表達增加 p-Akt。當ICAM2表達被敲低時,p-PI3K和p-Akt的表達降低(圖5G-K)。這些發現表明,ICAM2通過激活PI3K/ Akt通路,導致LN腎小球內皮細胞損傷。
圖5 ICAM2通過PI3K/Akt途徑促進LN腎小球內皮細胞損傷
本研究表明,ICAM2(CD102)可能作為反映腎臟病理學活性的增生性LN的潛在血清生物標志物,可能通過PI3K/Akt通路促進LN的進展。
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排版:野凌
審核:三黍生物企宣部