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題目：使用ROBO1 CAR T細胞靶向膠質母細胞瘤中的軸突導向依賴性

發表雜志：Nature medicine

影響因子：58.7

摘要：

基因毒性治療的耐藥性和腫瘤復發是惡性腦腫瘤膠質母細胞瘤（GBM）的主要特征。這項工作通過綜合基因組、功能基因組、轉錄組和蛋白質組學分析研究了治療后復發性GBM的功能性驅動因素。觀察結果表明存在多層次的遺傳反應以驅動腫瘤復發，并暗示PTP4A2（蛋白酪氨酸磷酸酶4A2）是復發性GBM中自我更新、增殖和腫瘤發生性的調節因子。PTP4A2的遺傳擾動或小分子抑制通過去磷酸化軸與圓形導向受體1（ROBO1）及其下游分子參與者相互作用，利用了對ROBO信號的功能依賴性。研究開發了針對ROBO1的第二代嵌合抗原受體（CAR）T細胞療法，在復發性GBM的細胞系來源異種移植（CDX）模型中，單次劑量的ROBO1靶向CAR T細胞使中位生存期延長了一倍。

研究確定了一個具有前景的、可多靶點治療的PTP4A-ROBO1信號軸，該信號軸驅動復發性GBM的腫瘤發生性，并可能在其他惡性腦腫瘤中具有潛在作用。

題目：血漿蛋白生物標志物在自身免疫性疾病發作前6個月預測持續自身抗體和1型糖尿病的發展

發表雜志：Cell reports. Medicine

影響因子：11.7

摘要：

1型糖尿病（T1D）是由β細胞的自身免疫性破壞引起的。生物標志物的不足是理解疾病原因和進展的重大障礙。研究進行了盲法的兩階段病例對照血漿蛋白質組學分析，以確定可預測T1D發展的生物標志物。對來自184名個體樣本的非靶向蛋白質組學分析，顯示在自身免疫性疾病發作前，補體、炎癥信號和代謝蛋白就已發生改變。與自身免疫性疾病持續存在者相比，進展為T1D的個體中細胞外基質和抗原呈遞蛋白的調節存在差異。對來自990名個體樣本的靶向蛋白質組學測量，驗證了83種生物標志物。

機器學習分析預測了個體在自身抗體出現前6個月是否會持續自身免疫反應或發展為T1D，受試者工作特征曲線下面積分別為0.871和0.918。該研究識別并驗證了生物標志物，突出了T1D發展過程中受影響的途徑。

題目：食管胃交界腺癌的綜合蛋白質組學特征

發表雜志：Nature communications

影響因子：14.7

摘要：

近幾十年來，食管胃交界腺癌（AEG）的發病率迅速上升，但其分子變化和亞型仍不清楚。本研究對103例AEG腫瘤及其配對正常鄰近組織（NATs）進行了蛋白質組和磷酸蛋白質組分析，對94對腫瘤-NAT進行了全外顯子組測序，對83對腫瘤-NAT進行了RNA測序。分析顯示，AEG腫瘤中的蛋白質組發生了廣泛變化，并發現了252種潛在的可靶向藥物蛋白。我們確定了三種具有顯著臨床和分子差異的蛋白質組亞型。S-II亞型特征蛋白FBXO44被證實能在體內外促進腫瘤進展和轉移。我們的比較分析揭示了AEG亞型獨特的基因組特征。我們發現在S-III亞型中成纖維細胞明顯減少。進一步的磷酸蛋白質組學比較揭示了AEG亞型之間不同的激酶-磷酸化底物調控網絡。我們的蛋白質組學數據集為理解AEG的分子機制和開發精準治療策略提供了寶貴的資源。

題目：生長素通過增強擬南芥中BZR1的核積累來促進下胚軸的伸長

發表雜志：Science advances

影響因子：11.7

摘要：

生長素和油菜素內酯（BRs）是兩種主要的促進生長的植物激素，它們共同作用于下胚軸的伸長；然而，生長素和BR在這一過程中的相互作用尚未完全了解。本研究發現生長素誘導的下胚軸伸長依賴于油菜素唑抗性1（BZR1），這是BR信號傳導的核心組成部分。生長素促進BZR1在下胚軸細胞中的核積累，這一過程依賴于由生長素激活的促分裂原活化蛋白激酶3（MPK3）和MPK6，且這兩種激酶的編碼基因在下胚軸中高表達。

研究人員確定MPK3/MPK6磷酸化降低一般調控因子4（GRF4）的蛋白質穩定性，GRF4是14-3-3蛋白家族的一員，負責將BZR1保留在細胞質中。綜上所述，本研究揭示了生長素通過MPK3/MPK6調控的GRF4蛋白質穩定性來增強BZR1核積累，從而促進下胚軸伸長的分子機制。

題目：基于質譜技術的水稻蛋白質組學景觀揭示了N6-甲基腺苷在轉錄后調控中的作用

發表雜志：Nature plants

影響因子：15.8

摘要：

水稻是植物生物學中最重要的主食和模式物種之一，但其定量蛋白質組在很大程度上尚未被表征。在這里，研究人員使用串聯質譜標簽策略，隨后進行密集的分餾和質譜分析，量化水稻主要組織中超過15,000個基因的相對蛋白質水平。研究中確定了與組織特異性功能相關的組織特異性和組織富集的蛋白質。水稻和擬南芥的蛋白質組學比較揭示了保守的蛋白質組表達，這與哺乳動物不同，因為它在物種之間而不是組織之間有著強烈的分離。

值得注意的是，對水稻主要組織中N6-甲基腺苷（m6A）的分析表明，非翻譯區的m6A與蛋白質豐度呈負相關，并導致RNA和蛋白質水平之間的不一致。我們還證明了我們的數據對于鑒定調節m6A甲基化所需的新基因非常有價值。綜上所述，本研究為水稻蛋白質組學的進一步研究提供了范例。

題目：異源物質能支持錳（II）氧化細菌（MnOB）的生長嗎？以苯酚利用菌假單胞菌AN-1為例

發表雜志： Journal of hazardous materials

影響因子：12.2

摘要：

由錳（II）氧化細菌（MnOB）產生的生物成因錳氧化物（BioMnOx）因其卓越的吸附和氧化能力而備受關注。本研究中分離出一種名為假單胞菌AN-1的菌株，該菌株能夠利用苯酚作為唯一碳源。苯酚的降解優先于BioMnOx的積累。

基于基因組學和蛋白質組學研究，進一步證實了菌株AN-1的Mn(II)氧化和苯酚礦化機制。蛋白質組學分析表明，隨著苯酚濃度的增加，與Mn(II)氧化相關的蛋白質（包括MnxG和McoA）的表達下調。值得注意的是，本研究首次觀察到Mn(II)氧化蛋白的表達受到碳源濃度的調節。這項工作為異源物質與MnOB之間的相互作用提供了新的見解，從而揭示了錳和碳生物地球化學循環的復雜性。

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