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2024.03.01

十年三黍 | 技術(shù)篇:青衿之志 履踐致遠(yuǎn)


科學(xué)研究的基本特色就是創(chuàng)新,不斷地向新的領(lǐng)域,新的高峰攀登,是科學(xué)研究的本色。
——袁隆平


在過去的十年里,三黍生物在科研領(lǐng)域持續(xù)不斷地進(jìn)行開拓、創(chuàng)新,并取得重要突破。本文將重點講述三黍生物在淀粉、多糖、多組學(xué)以及分子與遺傳轉(zhuǎn)化領(lǐng)域的發(fā)展故事。

淀粉產(chǎn)品
2014年,三黍生物科技有限公司在上海成立,基于公司前期技術(shù)積累,成立后迅速推出22款淀粉產(chǎn)品相關(guān)指標(biāo),包含淀粉直鏈淀粉含量、膠稠度等淀粉及其改性淀粉的基礎(chǔ)指標(biāo);淀粉糊化溫度、淀粉粘度等淀粉理化指標(biāo);淀粉鏈長分布、分子量分布、結(jié)晶度等淀粉的結(jié)構(gòu)指標(biāo)以及淀粉電鏡掃描和淀粉粒度分布的表征特性,完成了結(jié)構(gòu)分析和淀粉品質(zhì)研究平臺的搭建,成為國內(nèi)首家淀粉結(jié)構(gòu)解析和品質(zhì)研究平臺。
由于淀粉結(jié)構(gòu)特殊,分子量高達(dá)上千萬道爾頓,性質(zhì)決定其不溶于大多數(shù)溶劑,在測定淀粉分子量及淀粉鏈長分布時,鹽相體系并不能夠高效、準(zhǔn)確的分析得到淀粉的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。為了解決淀粉難以充分溶解的問題,17年開始研發(fā)凝膠色譜DMSO方法,引進(jìn)十八角度光散射技術(shù),并成功建立凝膠色譜-十八角度光散射-示差檢測聯(lián)用的DMSO檢測體系,成為國內(nèi)首家DMSO體系測定淀粉鏈長分布和淀粉絕對分子量的商業(yè)化企業(yè)。



為了更好的整合淀粉研究體系,關(guān)聯(lián)淀粉科學(xué)研究上下游,進(jìn)一步解釋植物生命活動規(guī)律,從18年開始,公司圍繞淀粉合成和降解、消化以及植物抗逆境脅迫相關(guān)的代謝通路開發(fā)了一些列酶活性檢測技術(shù),完善了公司在植物代謝活動中動態(tài)監(jiān)測方面的缺失,進(jìn)一步打通了淀粉科學(xué)研究的上下游。

隨著淀粉應(yīng)用行業(yè)的發(fā)展,各行業(yè)的淀粉研究單位越來越關(guān)注淀粉性質(zhì)與結(jié)構(gòu)之間的相互關(guān)系,因此,公司在現(xiàn)有淀粉結(jié)構(gòu)特性、表征特性及理化特性體系的基礎(chǔ)上進(jìn)一步推出工業(yè)應(yīng)用型指標(biāo)檢測服務(wù),包括淀粉白度、淀粉凍融穩(wěn)定性、淀粉透明度等指標(biāo),就此完全打通淀粉研究上下游,從淀粉合成和降解代謝、基礎(chǔ)特性、理化特性、結(jié)構(gòu)特性、表觀形貌及應(yīng)用特性全方位分析淀粉品質(zhì)、結(jié)構(gòu)及應(yīng)用,建立國內(nèi)最完善、全方位的淀粉研究平臺。



近10年的技術(shù)積累和沉淀,三黍生物已經(jīng)為廣大科研院所提供近五萬份的高質(zhì)量的淀粉檢測數(shù)據(jù),協(xié)助發(fā)表SCI文章數(shù)千篇,累計影響因子超過5000


多糖產(chǎn)品

多糖(polysaccharide)是細(xì)胞中一類非常重要的大分子物質(zhì)。糖類是細(xì)胞膜上受體分子的重要組成成分,是細(xì)胞識別和信息傳遞等功能的參與者,廣泛參與各項生命活動。近年來的研究表明,多糖在免疫調(diào)節(jié)、 抗腫瘤、 抗病毒、 抗氧化和降血糖等方面顯示出良好的應(yīng)用前景,是現(xiàn)代醫(yī)學(xué)和食品功能化學(xué)共同關(guān)注的焦點。

三黍公司成立初期,為協(xié)助科研單位解決多糖研究難度大、周期長、儀器昂貴等難點,結(jié)合當(dāng)時技術(shù)進(jìn)展,對多糖研究定位于基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)檢測和鑒定,主要包括多糖分子量、單糖組成和多糖甲基化等指標(biāo)。隨著客戶和市場需求擴(kuò)增與研究深度增加,這些指標(biāo)遠(yuǎn)不能滿足客戶對于多糖結(jié)構(gòu)解析的需求,2016年開始逐步增設(shè)多糖紅外光譜、紫外、電鏡、XRD衍射以及核磁全套掃描及解析服務(wù)指標(biāo)。在滿足不同客戶的科研需求同時,三黍建立了完善的多糖結(jié)構(gòu)檢測分析平臺


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在服務(wù)廣大科研客戶時,我們發(fā)現(xiàn)很多客戶因?qū)嶒炇覘l件有限或經(jīng)驗不足制備出的多糖純度極低,而低純度樣品對于結(jié)構(gòu)鑒定造成極大干擾。為了解決這一難題,2021年初公司上線多糖提取和純化業(yè)務(wù),多糖第二大發(fā)展方向應(yīng)運而生。多糖提取純化致力于為客戶制備足量、純度高、均一性好的純化多糖,以便客戶順利完成后續(xù)結(jié)構(gòu)分析和活性等深入研究。鑒于多糖樣本的多樣性和復(fù)雜性(如低純度、高蛋白、高粘度、高色素等),三黍于2022年初對產(chǎn)品升級,推出多糖(精細(xì))除雜服務(wù),精準(zhǔn)提高多糖制備純度隨著2023年“糖探計劃”的推進(jìn)以及公司研發(fā)投入力度增加,現(xiàn)已逐步完善了多糖提取、除雜和純化操作方案,擴(kuò)充了樣本類型,可支持多種個性化需求多糖和精細(xì)純化多糖的制備



隨著市場的發(fā)展,多糖構(gòu)效關(guān)系成為多糖研究熱點和難點。因此,多糖產(chǎn)品線2023年推出多糖活性驗證服務(wù),包括體外抗氧化實驗、細(xì)胞實驗和動物實驗等內(nèi)容,形成多糖第三大發(fā)展方向。

在多糖提純制備與活性驗證服務(wù)開展同時,三黍?qū)τ诙嗵墙Y(jié)構(gòu)解析技術(shù)仍在持續(xù)精進(jìn)。為了滿足不同類型多糖多元化檢測的需求且提高解析準(zhǔn)確性,避免傳統(tǒng)人為解析失誤,三黍自主開發(fā)核磁解析軟件NMRCarboSS?,逐步完善多糖甲基化數(shù)據(jù)庫,核磁解析數(shù)據(jù)庫,在提高數(shù)據(jù)質(zhì)量同時豐富了糖醛酸等特殊結(jié)構(gòu)鑒定的準(zhǔn)確性和完整性。至此,多糖產(chǎn)品線完成了提取純化、結(jié)構(gòu)解析、活性驗證和構(gòu)效關(guān)系的全方位擴(kuò)充,并迅速占領(lǐng)可觀的市場份額,服務(wù)客戶數(shù)量和業(yè)績額連續(xù)多年成倍增加,并獲得廣大客戶好評。此外,三黍在多糖提取制備產(chǎn)業(yè)化、多糖改性與修飾、多糖生物合成以及糖組學(xué)等領(lǐng)域也處在積累階段,與時俱進(jìn),努力成為多糖研究全套解決方案的開拓者和領(lǐng)頭羊。

多組學(xué)產(chǎn)品

代謝是生命活動中所有化學(xué)變化的總稱,代謝活動是生命活動的本質(zhì)特征和物質(zhì)基礎(chǔ),中心法則認(rèn)為信息流是從DNA到RNA再到蛋白質(zhì),形成為酶的蛋白質(zhì)催化產(chǎn)生不同代謝物,最后使得生物呈現(xiàn)出不同的表型差異。

為解決廣大科研老師對代謝物檢測需求,三黍生物于2015年開始以靶向代謝組學(xué)為切入點,基于超高效液相色譜儀(UPLC)、離子色譜儀(ICS)、超高效液相色譜-串聯(lián)高分辨orbitrap質(zhì)譜聯(lián)用儀、氣相色譜-四極桿質(zhì)譜聯(lián)用儀(GC-MS)、AB SCIEX QTRAP、ICP-OES等多檢測平臺,研發(fā)并推出一系列靶向代謝檢測服務(wù),包括氨基酸、植物激素、維生素、類胡蘿卜素、花青素、類黃酮、可溶性糖單體、礦質(zhì)離子等,至2023年共累計推出40+個靶向代謝組學(xué)檢測服務(wù),檢測樣本覆蓋植物、動物、臨床醫(yī)學(xué)、土壤、細(xì)胞、微生物等。

目前仍根據(jù)最新的市場和技術(shù)調(diào)研,靶向代謝組學(xué)檢測項目保持持續(xù)更新的狀態(tài)。不同于靶向代謝組學(xué),非靶向代謝組學(xué)以大規(guī)模、系統(tǒng)性地檢測生物體中的代謝物為特點,同時對檢測到的所有代謝物進(jìn)行定性定量分析。對于非靶向代謝組學(xué)項目的檢測,高分辨的檢測儀器是基礎(chǔ),穩(wěn)定的檢測方法是前提,同時結(jié)合公共代謝物數(shù)據(jù)庫,建立屬于公司自己的代謝物數(shù)據(jù)庫是難點,也是面對市場的核心競爭力所在。

自2019年起,三黍生物先后建立了非靶向花青素代謝物數(shù)據(jù)庫、非靶向代謝物數(shù)據(jù)庫、非靶向中藥代謝物數(shù)據(jù)庫等,成功推出LC-MS非靶向代謝組學(xué)、GC-MS非靶向代謝組學(xué)、廣泛靶向代謝組學(xué)、脂質(zhì)非靶代謝組學(xué)、中藥非靶代謝組學(xué)、中藥入血成分分析、風(fēng)味組學(xué)等多個非靶向代謝組學(xué)檢測項目,具備了高通量、超靈敏、廣覆蓋的項目特點,為植物、動物、醫(yī)學(xué)、微生物、環(huán)境、材料等領(lǐng)域的研究者提供了高質(zhì)量的科研服務(wù)



在公司代謝組學(xué)發(fā)展的過程中,緊跟市場需求、實現(xiàn)產(chǎn)品優(yōu)化升級、保持產(chǎn)品特色是一直以來的難點,面對儀器快速推陳出新、檢測體系不斷優(yōu)化的時代背景,公司不斷投入研發(fā)成本,加大研發(fā)力度,不斷擴(kuò)充代謝物檢測指標(biāo),規(guī)范實驗流程,加強(qiáng)攻關(guān)核心技術(shù),在不斷提高核心競爭力的前提下,最大化地滿足客戶需求,最終形成良好的企業(yè)口碑。代謝組學(xué)項目的成功開發(fā),打造了一套標(biāo)準(zhǔn)化、全流程服務(wù)體系,不僅為三黍生物打開了多組學(xué)檢測項目的市場,同時為生產(chǎn)線的項目研發(fā)、生產(chǎn)運行、售后服務(wù)累積了豐富的經(jīng)驗。

隨著新一代測序技術(shù)、高分辨質(zhì)譜技術(shù)、多組學(xué)整合分析方法及數(shù)據(jù)庫的發(fā)展,組學(xué)技術(shù)正從傳統(tǒng)的單一組學(xué)向多組學(xué)技術(shù)發(fā)展。以多組學(xué)驅(qū)動的系統(tǒng)生物學(xué)研究將帶來生命科學(xué)研究的新范式,于是將基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)聯(lián)合起來,在物種、基因及代謝產(chǎn)物水平上共同解釋生物體的表型變化。為緊隨市場發(fā)展,三黍生物于2021年開始研發(fā)并成功推出蛋白質(zhì)鑒定、iTRAQ/TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、Label-free非標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、DIA蛋白質(zhì)組學(xué)、PRM目標(biāo)定量蛋白組學(xué)、修飾蛋白質(zhì)組學(xué)、4D-蛋白組學(xué)等蛋白質(zhì)組學(xué)檢測項目,建立了蛋白組學(xué)全方位服務(wù)平臺。同一時期,三黍生物投入大量研發(fā)迅速建立全套高通量測序平臺,實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組、基因組、微生物多樣性、表觀遺傳學(xué)等多種高通量測序服務(wù),擁有Novaseq 6000、T7、Pacbio、ONT等先進(jìn)的測序平臺

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隨著服務(wù)客戶數(shù)量的增加,樣本類型也逐漸多樣化,簡單的提取方法無法滿足不同樣本類型的核酸提取、建庫以及上機(jī)要求。為了解決這一難題,三黍生物于2022年擴(kuò)大了專業(yè)的測序團(tuán)隊,經(jīng)過不斷的研發(fā)和摸索,已擁有豐富的處理復(fù)雜樣本的經(jīng)驗,可根據(jù)不同的樣本類型選擇不同的提取方法,提高了核酸的提取質(zhì)量??蛻糁恍枰峁┰紭颖净蛘咛崛〉暮怂幔湍転榭蛻敉瓿蓮臉悠窚?zhǔn)備,文庫制備,上機(jī)測序到數(shù)據(jù)分析的整套服務(wù)流程。

同時將“轉(zhuǎn)錄組學(xué)+代謝組學(xué)”、“轉(zhuǎn)錄組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)”、“蛋白質(zhì)組學(xué)+代謝組學(xué)”的聯(lián)合分析項目成功推向市場,這意味著三黍生物多組學(xué)檢測體系趨于完整。同時為構(gòu)建售前、售后服務(wù)一體化,從2020年開始三黍投身于生物數(shù)據(jù)云平臺的搭建,該平臺集成了生物數(shù)據(jù)分析流程、生物數(shù)據(jù)分析工具和生物大數(shù)據(jù)庫等模塊,涵蓋了公司業(yè)務(wù)層面的所有數(shù)據(jù)分析內(nèi)容,于2023年成功推出三黍自有云平臺,交互式的流程分析內(nèi)容,覆蓋了高通量測序、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)以及聯(lián)合分析、淀粉及多糖結(jié)構(gòu)解析等方法,個性化的分析工具成功部署,包含到統(tǒng)計、可視化、數(shù)據(jù)庫查詢等多方面。在分析流程和工具完善的同時,代謝組數(shù)據(jù)庫、基因數(shù)據(jù)、突變體數(shù)據(jù)的也相應(yīng)搭建完成,能夠?qū)Σ煌治銎脚_,不同類型、物種的樣本進(jìn)行統(tǒng)計分析,為組學(xué)分析標(biāo)準(zhǔn)的制定以及研究提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

多平臺的數(shù)據(jù)互通也是云平臺建設(shè)的目標(biāo),2023年,我們已經(jīng)實現(xiàn)了實驗室管理系統(tǒng)與生信平臺數(shù)據(jù)互通,但最終的目標(biāo)并不僅限于此,隨著公司市場不斷擴(kuò)大,業(yè)務(wù)的全面化,不同平臺數(shù)據(jù)的溝通是必經(jīng)之路,我們的目標(biāo)是搭建一套完整的數(shù)據(jù)生態(tài)鏈,實現(xiàn)產(chǎn)品數(shù)字化的轉(zhuǎn)變,產(chǎn)品解析成數(shù)據(jù),再由數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)形成產(chǎn)品的循環(huán),為廣大科學(xué)研究者提供更為便捷的服務(wù)、更標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)交付以及更實用的工具,致力于提供創(chuàng)新一站式技術(shù)解決方案,努力成為廣大科研從業(yè)者最專業(yè)的技術(shù)合作伙伴。


分子與遺傳轉(zhuǎn)化

三黍生物于2014年在上海成立,其愿景為建立薯類(木薯、甘薯、馬鈴薯)遺傳轉(zhuǎn)化體系,提供穩(wěn)定可靠的薯類種質(zhì)資源,實現(xiàn)國家非主糧食品安全保障,因此取名為“三黍”。

從公司成立之初開始便著手于建立完善的甘薯、木薯、馬鈴薯遺傳轉(zhuǎn)化體系,經(jīng)過多個技術(shù)難關(guān)的攻克,三黍生物成功的成為了國內(nèi)唯一的“三黍”(甘薯、木薯、馬鈴薯)遺傳轉(zhuǎn)化服務(wù)公司,實現(xiàn)了最初的技術(shù)承諾。

隨著技術(shù)的進(jìn)步,我們不僅僅滿足于現(xiàn)有產(chǎn)品的優(yōu)化,更致力于開發(fā)全新的技術(shù),三黍生物對外聘請人才,投入大量研發(fā),此后逐步推出了煙草、番茄、水稻以及楊樹、亞麻轉(zhuǎn)化體系

于此同時,為保證遺傳轉(zhuǎn)化體系順利進(jìn)行,基因編輯手段的完善是前提,三黍生物完成多種載體構(gòu)建工具搭建,從最初的過表達(dá)載體構(gòu)建系統(tǒng), RNAi載體構(gòu)建系統(tǒng)、到最新的CRISPR載體系統(tǒng)均有推出。RNAi和CRISPR載體系統(tǒng)為基因沉默和基因編輯提供了強(qiáng)有力的手段,而轉(zhuǎn)基因植株檢測則能快速、準(zhǔn)確地檢測轉(zhuǎn)基因植物中的外源基因,確保陽性植株的鑒定。同時,為了更好地評估這些操作的效果,我們還開發(fā)了Southern blot,QPCR,Western blot檢測,能夠快速、準(zhǔn)確地檢測DNA,RNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)情況。



隨著技術(shù)成熟及相關(guān)政策開放,除科研服務(wù)外,公司完成自有品種研發(fā)布局,結(jié)合公司其他產(chǎn)品線,聚焦于甘薯、木薯、馬鈴薯高直鏈淀粉與蠟質(zhì)淀粉性狀改良,于2022年,公司開始進(jìn)行相應(yīng)轉(zhuǎn)基因品種研發(fā),現(xiàn)已成功培育相應(yīng)性狀品種數(shù)種,為公司從單純的技術(shù)服務(wù)到服務(wù)與研發(fā)并進(jìn)的轉(zhuǎn)型打下基礎(chǔ),增強(qiáng)了公司的競爭力與不可替代性。

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未來,三黍生物將面向新型特用淀粉及多糖原料、緩釋材料、可降解材料、及現(xiàn)代農(nóng)業(yè)等方向繼續(xù)深入技術(shù)攻關(guān),繼續(xù)秉承“專業(yè)、專注、專心”的理念,堅持著不讓技術(shù)成為基礎(chǔ)研究和公司研發(fā)的障礙的信念,努力打通科研+產(chǎn)品全產(chǎn)業(yè)鏈,不斷向科學(xué)技術(shù)廣度和深度進(jìn)軍,肩負(fù)起歷史賦予的科技創(chuàng)新重任,在奮斗中譜寫新時代的青春之歌!

排版:野凌

審核:三黍生物市場部

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